C'est un pb de composant lourd/leger.
Un canvas3D est un composant lourd, l'affichage reste toujours au dessus des autres legers...
pour tes tooltip ou les menus, tu peux les avoir au-dessus en fesant:
//permet d'eviter d'avoir le canvas sur les popup de menu
JPopupMenu.setDefaultLightWeightPopupEnabled(false); ToolTipManager.sharedInstance().setLightWeightPopupEnabled(false);
par contre, un conseil, n'utilise pas les JInternalFrame avec un canvas3D
elles ont un bug et garde la 3D en memoire, et surtout, le canvas reste au dessus,
utilise des JFrames classiques, sans desktop si possible
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dams 
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