Hello,
en gros tu dois faire une refonte du site intranet en te basant sur la techno J2EE. D'abord tu dois cerner le besoin en terme fonctionnel et déterminer les outils qui te permettrons de développer le site répondant au besoin. Ensuite c'est une question d'architecture et les possibilités sont multiples. Le truc c'est qu'il faudrait que tu découples dés le début ta partie métier de ta partie présentation ce qui permettra à ton entreprise de maintenir et de faire évoluer son intranet relativement facilement.
En gros, voici ce qui pourrait de permettre de partir sur de bonnes bases du point de vue de l'architecture de ton appli.
Partie présentation : JSP+AJAX. Bon ben là rien de bien neuf, c'est vraiment la couche la plus haute.
Partie controller : struts. Ben tant qu'à faire autant travailler en te basant sur un outil éprouvé qui te fera pas mal gagner en temps de développement. (Et +1 sur le cv au passage concernant ta partie sur les technos maitrisées...

)
Partie métier : Travail sous forme services + composants.
Partie modèle : Hibernate pour la persistance + DAO pour accéder aux données. Permet de te faire la main au passage sur un framework reconnu et performant (Et + 1 encore sur le cv).
En gros tes actions Struts vont appeler tes services qui vont avoir la charge de récupérer tes données en base par l'intermédiaire des DAO. Comme je te l'ai dit précédemment ça te permet de découpler les différentes couches constitutives de ton application et de rester ouvert pour les opérations de maintenance ou de futures évolutions.
Au passage, regardes du côtés des outils CMS qui permettraient facilement à une personne non initiée à la programmation de faire des publications de news sur le site par exemple.
C'est assez difficile de te répondre comme ça vite fait, et j'espère ne pas trop avoir tapé à côté de ta question.
--- Moucave , petit singe au pays du j2ee ---