Humf, il est vrai que si tu reprends le texte brute de forme, le message dans ton "alert" en javascript ne va pas apparaître.
Dans ce cas là, tu peux faire une affectation dans une variable javascript en faisant au préalable un replace:
$texteJavascript = <%=textedelabase.replace("\n", "\\n")%> ; alert(texteJavascript );
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Voilà
[Tout le monde a des idées : la preuve, c'est qu'il y en a de mauvaises]